香港城市大学深圳研究院成立于2001年，由香港城市大学全资拨款设立，是城大科研的一个有机组成部分。该研究院致力于将香港城市大学的科技成果转移到国内市场，并于2002年成立了城大研究院（深圳市）有限公司，以促进城大与深圳、珠三角地区乃至全中国的行业合作关系。

香港城市大学深圳研究院及其子公司城大研究院（深圳）有限公司一直专注于知识转移。研究院下设的四个研究中心——生物医药科技中心、信息与通信科技中心、未来网络科技中心及福田-城大红树林研发中心及项目组，多年来承担了多个国家级、省级和市级科研项目，包括国家国家高技术研究发展计划、国家自然科学基金委员会专项基金项目、广东省科技重点攻关项目、深圳市重点实验室建设项目、深港创新圈计划、深圳市科技计划以及香港创新署科技计划等。这些研究成果获得了深港两地政府的认可和支持，荣获了包括香港特别行政区工商业科技成就大奖、深圳市科技创新大奖和深圳双百计划在内的多个奖项。2008年7月5日，国家副主席习近平在访问深圳时专门参观了城大深圳研究院的生物医药科技中心。

城大于2005年9月与深圳市人民政府签约，正式入驻国家大学科技园“香港院校产学研基地”，作为在内地发展应用研究、孕育产业项目和推动教学培训的据点，中国科学技术大学-香港城市大学联合高等研究中心(苏州市)于2005年10月在苏州工业园区正式运作，两校计划联合培养硕士和博士生;该大楼占地面积达12,500平方米，配备了完善的设施，支持应用研究、产业孵化和专业培训。大楼内部设有两个大型讲演厅、会议室、展厅、办公室、教室以及其他先进的办公设备。建筑设计注重智能化和环保性，充分利用自然光线，并采用了城大企业有限公司旗下企业的多种先进技术，包括能量 Group的调光节能系统、TeleEye Holding Limited的远程监控系统以及MaCaps International Limited的门禁系统。