复旦大学科学技术研究院成立于2018年6月11日，是复旦大学主管全校科学技术研究工作和科技创新能力建设发展的业务部门。

2018年6月11日，复旦大学科学技术研究院正式成立。副校长金力出席成立大会并发表讲话。副校长周亚明代表学校宣布复旦大学科学技术研究院成立，并宣读了由许宁生校长签发的院领导班子成员名单。

复旦大学科学技术研究院的建立标志着复旦大学在推进世界一流大学和一流学科建设、加强科技能力创新方面迈出了重要的一步。这是学校面对国际科技创新、国家创新战略、上海市科技创业中心建设的需求，整合校内资源，加强管理职能，推动职能转型的重要举措。

复旦大学科学技术研究院集成了原有的科技处、医学规划与科研管理办公室和军工科研办的相关职能，成为负责全校科学技术研究工作和科技创新能力建设发展的核心部门。其职责包括统一管理与协调全校科技工作，强化组织策划，规范业务流程，为科研人员提供管理和技术支持，为学校制定科技政策提供决策依据。研究院还着重于加强重大项目组织、成果转化、奖励申报、国际合作等方面的工作，并通过调整内部机构设置来实现这一目标。此外，研究院还致力于加强与资产经营公司、大学科技园等部门的合作，以促进全校力量的协调和统筹，推进战略规划、学科交叉、军民融合、创新创业等领域的发展。

复旦大学科学技术研究院由中国科学院院士金力担任院长，同时兼任副校长。研究院设有常务副院长1名，副院长4名，分别由武利民、艾剑良、孙逊、周曦担任。研究院下辖纵向研究处、项目管理中心、产学研合作处、技术转移中心、基地建设与成果管理处、国际合作办公室、医学科研处、军民融合研究办公室、综合办公室等9个副处级机构。其中，医学科研处受科学技术研究院及复旦大学上海医学院的共同领导。