2016年12月30日，南阳卧龙综合保税区正式封关运行。2019年12月，
南阳市市委、市政府将综保区提升为南阳五大功能新区之一，新规划拓展大面积产业配套区域，实施独立经济功能区和“管委会+公司”体制机制改革，支持推动综保区全面提质跨越发展。
南阳卧龙综合保税区选址在
南阳光电产业集聚区北部，面积3.03平方公里，一期建设面积1.05平方公里。区内可开展国际转口贸易、国际采购配送、国际中转、商品展示等业务，区内企业享有诸多优惠政策，如进出境货物保税，区外货物入区退税，区内企业生产用设备、基建物资等入区免税，区内企业之间货物交易免征增值税、消费税等。
南阳卧龙综合保税区以经济功能区改革为契机，以海关特殊监管区为核心，以产业配套区为依托，以保税加工为中心，重点在农副产品深加工、智能芯片及设备、装备制造、医药医疗、新材料、新能源、生物油脂等产业以及跨境电商、总部经济、保税服务等新兴业态和区域开发建设等方面招商引资、招才引智，深入推进区内区外一体化协同发展，全面提升综保区产业发展水平，打造高质量发展的国际陆港产业新城。