水族博物馆是中国民族园内展示56个民族文化的场馆之一，专门展示了水族的文化遗产。该博物馆按照贵州三都地区的水族传统民居进行了1:1的复制，由当地的民族工匠按照本民族的传统建造方法在现场制作了半成品后，运输到北京组装完成。博物馆于1999年开始建设，2001年9月正式对外开放。建筑面积为546平方米，梯田面积达1,150平方米，鹅卵石小路长30米，总面积约为2,006平方米。

水族人民主要居住在中国贵州省三都地区，人口大约有40万人。他们拥有自己的语言，属于汉藏语系壮侗语族侗水语支。历史上曾经有过一种称为"水书"的文字系统，这种文字系统的字符数量有限，主要用于宗教仪式。水族人以农业为主业，同时也从事林业工作。他们的节日包括端节、卯节、苏宁喜节、荐节、敬霞节等。传统的舞蹈形式多样，如铜鼓舞、斗角舞、芦笙舞、双歌、单歌、调歌、诘歌等。他们还喜欢参与赛马、斗牛、斗鱼等体育竞赛。在信仰方面，水族人相信万物皆有灵魂，崇拜多种神明。

水族博物馆的建筑设计反映了水族传统村落的生活环境。它由传统民居中的开门木楼、南开门木楼、北开门木楼、寨门、粮仓、玉米棒梯田等多个组成部分构成。为了还原当地的自然景观，博物馆还特别配置了适应当地气候条件的植物，并种植了一些具有特色的农作物。

水族博物馆内的展览通过实物和场景再现的方式，展现了水族人民的传统生产和生活模式。这些展品均来自贵州三都地区，涵盖了从清代到近代的时间跨度，大约有三百年的历史。