王三元，字可登、号文渊、行轲八，宣州区狸桥镇水阳河东人。年十二时，尚未就塾，时有西镇管思竹先生在河西王家设馆教学，三元乘暇潜往听讲，先生奇怪问其何为，三元从容以对，与先生陈说义理，旨趣深长。

至弱冠应童子试，未几游郡，食，历试冠军，三元名日起。然家窭亦日甚，纨绔之子，多口讪之。独岘西冯宋臣与其为中表戚，倾心投契，延至家交面授子侄，旦夕讨论推为畏友。

万历乙酉年（1585年）乡举荐，初署长洲县教谕，训迪有方，诸生得其品题者均能考就。时有沈玑者，方应殿撰，时家甚窘，三元则预为金华市妙选引之课文，反复讲授，时时周贷。沈君及第，一时然服。时有知鉴秩，升翰林孔目，孔目于京职中为闲员。公觞咏不辍，诗兼鲍庚之长。相国王文肃公奇其才，每语同朝，以为文章经济当为第一流，不宜久居闲散，寻升户部主事，奉命管淮关税务。公确政精详，纤维毕烛，商人输镪必亲莅询，有无奸婿包揽否，违例私派否。用是国课既丰，而舟航亦复，无阻滞绩。最升南京户部山东清吏司郎中，又升南京户部司务厅司务。

万历四十二年（1614年），为表彰王三元父王学书教子有方，朝廷奖谕，赠其为南京户部司务厅司务，登仕郎。