汉刘邦凯旋登基后，地方士绅即筹款于墩上兴建庙宇一座。因刘邦做了皇帝，就起名为皇墩庙。为永铭汉高祖刘邦的功绩，建集名曰皇墩集。皇墩庙于皇墩集北头，院中有大铁钟，铸有：“皇墩庙兴建于汉王即帝位六年夏，岁次庚子。落成于汉王即位八年三月初一日，岁次壬寅。”

五河县志记载（86版），皇墩是汉高祖刘邦追击项羽时筑起的。公元前202年，楚汉战争，垓下之战一

战，项羽败绩，从灵璧县东渡河南下，刘邦追击其后，军驻于皇墩庙处，掘土筑墩，宿营其上。同时还驻兵前营、后营、西营和马场。后挺兵至安徽和县墩北，距乌江20公里。项羽败至乌江口，亭长以船待渡。项羽想起当初举义旗时，江东八千子弟相从，如今仅存数骑，无颜再见江东父老，遂拔剑以自刎。

皇墩庙很早就流传着一首《古皇墩赞》，赞曰：“皇墩古建铭刘邦，千载留传声名扬。后浍前淮天险阻，相争汉楚各逞强。项兵败绩走垓下，高墩挥军迫霸王。穷寇迫临乌江口，颜父老刎颈亡。”