限额存款与银行存款的区别在于：(1)限额存款是一种拨款指标，代表建设单位可以从中支付的各种建设费用的最大金额，而非实际的资金；而银行存款则是存放在银行账户的实际货币资金。(2)限额存款由上级机构核定并可根据资金调配需求调整或回收；相比之下，银行存款通常不受上级机构干预。(3)限额存款的使用必须严格遵循已批准的
基本建设计划和
财务收支计划的规定项目；而银行存款只需遵守国家相关规定即可支出。(4)年终时，限额存款余额应根据财政部门的规定全部注销或结转至下一年度继续使用；而银行存款通常可以结转至下一年度继续使用。
限额存款的核算通过设立“限额存款”账户来实现。当建设单位收到上级拨付的拨款限额时，应在会计账簿上记录如下：借方：“限额存款”，贷方：“基建拨款——本年预算拨款”。如果需要退还或年终结算注销拨款限额，则以
负数形式做同样的会计分录。当使用拨款限额时，借方应计入相关科目，贷方应计入“限额存款”账户。此外，建设单位还应设置“限额存款日记账”，根据拨款限额通知书、收款凭证和付款凭证，按照业务发生的时间顺序逐一登记。对于在同一
中国建设银行开设多个账户的建设单位，应分别为每个拨款账户设置独立的日记账。如果有预收下一年度预算拨款的情况，建设单位应设置“预收下年度限额存款日记账”进行单独核算，并将在年底余额转移到下一年初新建的“限额存款日记账”。