北营清真寺位于苏禄国东王墓大殿外的路西。因地处北营村，且是墓地守护者北营村穆斯林的“麦斯吉德”（
阿拉伯语，意为叩拜真主的地方）处，按照中国穆斯林的习惯，被称为“北营清真寺”。
据考证，北营清真寺要比苏禄国东王墓晚建百余年，是明万历年间（1573—1620），由北营村和附近穆斯林群众捐资兴建而成的。修此寺院是为了便于苏禄国东王的后裔们，有一个礼拜、感恩真主的地方。
道光三年（1823）大运河决口，德州城北成为一片汪洋，“北支河”以南的几个村庄的很多农户，迁到南岸的大堤上形成了东西长10余里的“长庄村”。苏禄国东王的后裔因祖坟所在不忍远离，大水过后，又重新回到北营村，仍居祖坟两侧。
经过这两次特大水灾和历年战乱，苏禄国东王的部分后裔、明朝政府在
历城区派遣来的夏、马、陈三姓的
回族住户，都携家带口远走他乡，另谋生路去了。
苏禄国东王的后裔们于雍正十三年（1735）入籍德州，并“题定温、安二姓”。清
乾隆，他们参加科考，涌现了不少栋梁之才。如
温宪中举后，成为朝廷的正四品大员；民国时期，
杨秀清后裔15代孙安树德参加了
冯玉祥的部队，1927年任第十八师
中将师长兼
庆阳市（
平凉市）镇守使、青海剿匪总指挥等职，成为民国时期的高级军官和抗日将领。
在
安树德任师长期间，出资对东王墓、清真寺等文物进行了修，并新建了《御碑亭》一座，保护了这些历史文物。清真寺窑殿顶上的“祭红瓷瓶”，就是安树德捐献的。
新中国建立以后，苏禄国东王墓受到国家和各级政府的重视。 1956年被
山东省人民政府列入重点文物保护单位，1988年被国务院公布为全国重点文物保护单位。 1980年后国家文物局和省市有关部门对其做了整修、复原和新建。 1982年，对清真寺进行了维修，重修了仿古式大门和北讲堂等。
1982年重修的仿古式寺院大门，迎面是“礼拜堂”大殿。大殿最上方是五个半圆弧形组成的装饰墙，每个半圆弧中均绘有白云图纹，正中最高大的半圆弧装饰墙顶上，高高的耸立着闪闪发光的星月标志。周围的女儿墙连接着4个殿角上的“唤礼楼”，“唤礼楼”衬托着大殿中心的窑殿。在窑殿尖顶上，砌有闪闪发光的“祭红瓷瓶”。大殿前的南北讲堂分列院落的两侧，分别设置有办公室、讲堂、客厅、净身房、阿訇宿舍、库房等。