厦门市出入境检验检疫局是于1999年8月9日在原厦门进出口商品检验局、厦门动植物检疫局和厦门卫生检疫局合并的基础上挂牌成立，是国家质量监督检验检疫总局设在福建省的直属机构，负责厦门地区和漳州市所辖8个县区的出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验以及全面协调厦门和漳州港区内各港口、码头通关作业中的有关出入境检验检疫业务。

根据国务院“将国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署”的机构改革要求，2019年，将“厦门海关”“厦门出入境检验检疫局”合并为“厦门海关”，不再保留厦门出入境检验检疫局。

1.贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验的法律、法规和政策规定及工作规程，负责辖区出入境检验检疫、鉴定和监管工作。

2.实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督。

3.实施出入境动植物检验检疫和监督管理。

4.实施进出口商品的法定检验和监督管理，负责进出口商品鉴定管理工作。实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验。

5.实施对进出口食品及其生产单位的卫生注册登记和对外注册管理，实施进口安全质量许可和出口质量许可及与进出口有关的质量认证认可工作。

6.实施国家实行进口许可制度的民用商品入境验证管理工作，按规定承担技术性贸易壁垒和检疫协议的实施工作。

7.管理出入境检验检疫证单、标志及签证、标识、封识，负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。

8.负责所辖区域出入境检验检疫业务的统计工作，收集国外传染病疫情、动植物疫情，分析、整理、提供有关信息。

9.依法对辖区涉外检验检疫、鉴定机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生、除害处理机构实施监督管理等。