该博物馆主要负责全国重点文物保护单位
甑皮岩遗址的保护、管理、研究、展示和参观接待工作。馆区面积约87亩，包括甑皮岩所在的
独山县和洞外坡 地、水域。经过二十多年的建设和发展，已成为在全国具有一定影响的史前类遗址博物馆。1986年1月，中央军委主席邓小平和国家副主席王震曾莅临参观，甑 皮岩遗址博物馆由此成为邓小平唯一参观过的史前类遗址博物馆。
2003年，甑皮岩遗址博物馆进行了大规模环境整治和改造，并重新 设计、制作了集科学性、通俗性、趣味性、观赏性于一体的基本文物陈列-- "万年前的桂林人"。新的文物陈列以独特的手段、从独特的角度展示
甑皮岩遗址发 现和发掘过程、
地层和文化分期，
甑皮岩人的体质面貌、种属渊源、葬俗、服饰、生产方式、制陶技术、生活习俗、宗教意识、去向等内容。参观文物陈列，犹如穿 越时空，返回到万年前的
桂林市，与"万年前的桂林人"亲密接触，欣赏他们的珍贵文物，理解他们的独特文化，体会他们的万年情怀。同年12月，"华南及东南亚 史前
考古学纪念甑皮岩遗址发掘三十周年国际学术讨论会"在桂林召开，与会的国内外专家参观了甑皮岩遗址和"万年前的桂林人"文物陈列，并一致给与好评。