太田城是天仁年间(1108前后)由太田氏所筑之城,当佐竹氏势力抬头后,太田城成为初代隆义的领地并被支配。应仁十四年(1407年),由于第十二代义盛无嫡子,因此佐竹氏由关东管领上杉宪定的次男龙保丸继承,龙保丸成为佐竹氏第十三代当主。
在此同时,佐竹一族的山入氏开始反叛龙保丸,之后在百年后的永正元年(1504年),佐竹氏第十六代当主义舜才将山入氏攻灭,结束了宗家佐竹氏与山入氏的纷争。到了第十八代当主义昭时,佐竹氏与
宇都宫市氏结盟,并与北关东的大名连合,组成反北条体制。到了十九代义重时,先后与白河、卢名、那须、北条敌对。当
小田原合战结束后,在第二十代当主代义宜时,佐竹氏成为领有五十四万石领地的近代大名,而太田城则成为义宜之父义重的居城,当主义宜并以水户城当做统治的据点。后来由于义宜在
关原合战的前哨战讨伐会津
上杉显房之际反抗幕府,因此在庆长七年(1602年)被移封至出羽秋田。