实质课税原则指的是在税务处理中，不应仅仅根据事物的表面和形式来决定是否征税，而应根据实际情况，尤其是经济目的和经济活动的实际本质，来判断是否符合征税条件，以便公正、合理、高效地进行征税。

实质课税原则，又称经济观察法，起源于第一次世界大战后的德国。当时，一些商人在战争期间从事非法牟利活动，尽管这些行为在民法上被视为无效，但由于税法被视为民法的附属法，民法上的效力认定直接决定了其在税法上的效力。因此，这些行为所产生的经济收益未能得到有效征税，导致公众强烈不满和战后经济萧条时期的财政危机。为了应对这种情况，德国在1919年的《帝国税收通则》中提出，税法的解释应考虑到其经济意义，这一主张被称为税法解释上的经济观察法，是税法解释上最早的主张之一，即不局限于法律的文字表述，而应考虑税法调整对象的经济关系和相关经济现象。

实质课税原则与税收法定原则的关系一直是理论研究的重点。税收法定原则是税法最基本的准则，规定税法主体的权利义务必须由法律明确规定，税法的各种构成要素也只能由法律明确规定。然而，实质课税原则在实践中常常与税收法定原则发生冲突。在发达国家和地区，这种冲突往往是通过不同利益群体的博弈并在特定的历史阶段形成的妥协来解决的。这种协调和平衡主要体现在实质课税原则的地位变化上。

实质课税原则与司法效力的关系处理是税法学的一个重要课题。税法属于公法范畴，调整的是与国家公权力运作相关的领域，与调整平等主体间人身、财产关系的司法有着本质区别。税法与私法在对同一行为进行规制时，不可避免地会产生适用上的冲突，尤其是在实质课税原则的应用上。这种冲突主要集中在避税行为和不合法行为的课税问题上。避税行为是指通过合法手段减少纳税义务的行为，通常带有贬义色彩。不合法行为包括违法行为和法律未予规定的行为，前者在法律性质上即为违法，后者则未在法律上予以确定定性。

实质课税原则与税收法定原则的冲突背后，体现了对公平正义的法律价值的追求。税收公平原则是现代各国税收法律关系中的基本原则，确保所有纳税人的地位平等，税收负担在国民之间的分配公平合理。实质课税原则从强调按经济实质进行课税的角度出发，保证了给予不同经济能力的人差异性的待遇。这两种原则分别体现了社会整体的公平和平等对待，以及根据不同情况进行差别处理的形式正义。