国民革命军第四十六军源于教导师、黄埔军校新编师、苏世安第十八师及驻湘部分部队。次参加北伐战争，在1947年2月解放战争莱芜战役中全军覆没。

1926年7月，蒋介石率军北伐，黄埔军校校务委托教育长方鼎英代理。

1927年8月，蒋介石下野。中国人民解放军总参谋长李济深派李扬敬接收黄埔军校。以教导师、黄埔军校高级班主任黄慕松的新编师和原属第六军(北伐后留守广东省)的第十八师苏世安部以及驻在湘南、湘西土家族苗族自治州的陈渠珍、廖湘云、许克祥等师编成新编第十三军，以方鼎英为军长，归第八路军总指挥李济深节制。

1927年11月，参加讨伐唐生智。唐下野后，该部驻宜章县。

1927年12月，黄慕松师编入张发奎第四军，改称教导师。

1928年1月，广东发生李济深与张发奎之战，新编第十三军编成李济深所属之第二路军，方鼎英为总指挥，率部向东江追击张发奎军。

1928年2月，因与白崇禧、陈嘉军的第十三军番号重复，遂改为第四十六军。军长为方鼎英，参谋长为何浩若，所辖3个师为：新编第四师，师长唐星；新编第五师，师长张春浦；新编新疆生产建设兵团第六师，师长高霁；2月初，该军由粤开抵南昌市，再由赣经衢州市至京沪铁路，担任北伐军的后方警卫。

1928年7月1日蒋介石举行各军编遣会议，成立整理委员会。国民革命军第46军于1928年7月撤消。第四十六军合并入新疆生产建设兵团第十师。

1935年12月以第二十八、第七十九师编成。樊崧甫任军长，郭忏为副军长。该军属豫皖绥靖公署节制。1936年西安事变发生后，被编为第一纵队，樊甫任指挥官。该军抢先占领潼关县。

第二十八师 师长原为王德。辖郭钟麟、杨四忠2个旅.1936年11月王被免去师长职，董钊升任。旅长易为李梦笔、张景骞。第七十九师 师长原为樊崧甫，1936年4月樊辞职，陈安宝升任师长，辖段朗如、李祖白2个旅。

1937年第四十六军军长樊崧甫，该军在1937年隶属西安行营；1938年春隶属汤恩伯第二十军团参加徐州会战，尔后又参加武汉会战。该军辖第二十八师，师长董钊，该师于1938年底拨属第十六军；第四十九师，师长原为李及兰，1938年4月李他调，周士冕继任师长，8月李精一又继周任师长；第九十二师，师长黄国梁，1937年该军隶属第四军，9月2日柳际明整编第五旅一部编入该师。

樊崧甫第四十六军于1938年撤销番号。

1939年2月以美国第八集团军所属编成第四十六军，以集团军总司令夏威兼任军长。同年11月何宣代理军长，1940年1月实任.5月何宣他调，周祖晃接任军长.1942年12月周祖晃升任集团军副总司令，黎行恕接任军长.1945年5月桂柳会战，黎指挥失当、被免职，韩练成接任军长职。该军辖第一七零、第一七五师和新编第十九师，先后参加桂南、长衡、桂柳会战。第一七零师，师长黎行恕。1939年2月由第七军改隶第四十六军。1940年4月王景宋接黎任师长。1942年12月王升任副军长职，许高扬任师长，不久实任；第一七五师，师长莫树杰。1939年4月由第四十八军改隶本军。6月莫树杰升任第四十八军军长，冯接任师长，由魏镇代理。1942年12月冯璜他调，甘成城接任师长。新编第十九师。1938年6月以第一七三师2个团和第一七零、第一七一师补充团在南宁市编成，以黄固任师长。1940年1月黄固他调，秦镇代理师长。6月以该军副军长黄梦年兼任师长。1941年12月免黄兼师长职，罗活任师长。 1944年8月罗活他调，蒋雄任师长。

整编第四十六师,1946年5月以第四十六军整编而成，以原军长韩练成改任师长。该师于1947年2月在山东莱芜被歼,6月由谭何易任师长。该师辖：整编第一七五旅，旅长甘成城，1947年春由卢士沫接任旅长；整编第—八八旅，旅长海竞强，1947年2月海被俘，由马展鸿接任旅长。

第四十六军军长谭何易，该军于1948年9月由整编第四十六师恢复番号。原隶属第八绥靖区，1949年5月改隶第十兵团。该军辖第一八八师，师长马展鸿，1949年8月李芳西接任师长；第二三六师,1948年9月由新编第十九师改称，师长蒋雄、后王佐文接任师长，第一七四师，由第四十八军拨隶，师长黄建，1948年11月吴中坚接任师长。该军于1949年底在广西壮族自治区境内被歼，军长谭何易脱逃。