沈其君，慈溪市人，1958年6月出生，1985年10月入党，1982年12月参加工作，医学博士，教授，医学院流行病与卫生统计学硕士学位点学科带头人，浙江省第十届政协委员。

曾任浙江医药高等专科学校校长。

参加工作后，历任东南大学医学院图书馆副馆长、馆长、东南大学医学院副院长、宁波大学医学院副院长、附属医院副院长、医学院执行院长等职，2011年4月任宁波大学校长助理、医学院执行院长。

2011年11月11日，浙江省人民政府决定沈其君任浙江医药高等专科学校校长。

2015年6月，浙江省人民政府免去了沈其君的浙江医药高等专科学校校长职务。

国家预防医学教学指导委员会委员，中国卫生统计学会理事，中国系统工程学会医学系统工程专业委员会常务委员、浙江省预防医学会常务理事等职。

长期从事流行病学与卫生统计学的教学和科研工作，侧重慢性流行病学及其生物统计方法的研究。主编《医学统计学》、《SAS统计分析》等教材4部，参编国家级“十五”规划七年制教材《医学统计学》和国家级医学八年制规划教材《医学统计学》。现承担国家自然基金及省部级以上研究项目多项。在国内外核心学期刊上发表论文50多篇，获省科技进步四等奖一项，部科技进步三等奖一项，省医学新技术引进一等奖两项。