据明嘉靖《
太原县志》、明万历《
太原府志》、
爱新觉罗·旻宁《太原县志》等志记载：华塔寺创建于634年(唐
贞观八年)，系僧人法宝所建，寺内建有无垢净光佛舍利塔。其后，唐天宝年间、宋咸平年间曾重修，明洪武年间重建时并明仙、定慧、明秀、流福4寺于华塔寺。华塔寺原是黑松林旁的一座大寺庙群，建筑规模宏大，占地面积4万余平方米；寺院南至花塔村北，北至杨家北头村西，西至旧晋祠公路，东至今晋源镇西门外官厅旧址。现仅存明建悬山顶大殿一座，殿内有无垢净光佛彩塑4尊、明
铸铁胎泥塑11尊及1826年（
爱新觉罗·旻宁六年）重修记事碑一通。20世纪50年代，华塔寺曾为
花塔村翻砂厂所占，在拆除山门、钟鼓楼、厢房、配殿时，将山门内的一座雕工精细、高约2米的石佛送至
晋祠博物馆保存。
1994年，花塔村的群众、干部募集资金修华塔寺，时由妙心禅师负责，仅用2年时间建起偏殿、东西厢房及山门，立一通《整修华塔寺碑记》碑。1999年，
山西省佛教协会改派
比丘尼悲善法师负责华塔寺事务，陆续修建了前院东西厢房、锅炉房、斋堂等设施；数次举行盛大佛事活动，邀请国家著名演员
游本昌至寺院表演助兴；发展慈善事业，收养弃孤数十名，取得很好的社会效益。如今华塔寺布局呈二进院落式样，坐北朝南，东西宽约35米，南北深约100米，宽敞疏朗。前后院的正殿、偏殿、厢房、僧舍、客堂、斋堂等错落有致，彩绘一新。