在1964年被正式命名为“菲律宾独立日”之前，6月12日是菲律宾的“国旗日”。1965年，颁布第374号总统令，将“国旗日”重新定为5月28日，旨在纪念1898年5月28日，在
甲米地省爆发战役中首次升起菲律宾国旗。1994年，颁布179号行政令，将独立日的庆祝时间扩展到从5月28日到6月12日。2024年6月12日，该日是菲律宾第126个独立日。
菲律宾独立日的主要庆祝活动为节庆时期各政府部门、机构、办公室、政府所有和控制的公司、国家机构和地方政府单位，甚至私人机构均应在其公共建筑、政府建筑、官邸的显著位置悬挂国旗。
菲律宾革命于1896年开始。1897年12月14日，西班牙殖民政府与菲律宾革命者签订了边那巴多条约。条约规定，西班牙殖民政府给埃米利奥·阿奎纳多及其革命集团40万比索，革命者离开菲律宾，后阿奎纳多流亡至香港。1898 年，
美西战争打响并波及菲律宾。阿吉纳尔多返回菲律宾恢复革命，并于该年6月12日宣布脱离西班牙独立。次年1月21日，菲律宾第一共和国成立。随着美国不会承认菲律宾第一共和国成立的态度越来越明显，
菲美战争爆发。
1902 年，菲律宾第一共和国战败后，美国文职政府通过菲律宾组织法成立。1935年9月17日，菲律宾举行第一次国民选举，为成立菲律宾自治政府做准备。联合党的奎松、奥斯敏纳分别当选自治政府的总统和副总统。11月15日，菲律宾自治政府举行就职仪式。1942-1945 年
第二次世界大战期间，菲律宾为日本所据，日本在此建立傀儡政权（菲律宾第二共和国）。1945年10月11日，菲律宾成为联合国创始国之一。但在第二次世界大战结束后，菲律宾再次沦为了美国的殖民地。1946年7月4日，美国正式给予菲律宾自治权。依据泰丁斯-马克杜菲法案，
哈里·S·杜鲁门总统当日发布第2695号总统令（Proclamation 2695），正式承认菲律宾独立。同日，双方签署马尼拉条约 (1946年)。
1946年7月4日，在曼努埃尔·罗哈斯（Manuel Roxas）担任总统期间，菲律宾通过《马尼拉条约》正式被美国承认为独立国家。该条约规定，自1946年7月4日起承认菲律宾共和国的独立，并放弃美国对
菲律宾群岛的主权。
从1946年到1961年，菲律宾在每年7月4日定位独立日。然而，在1962年5月12日，时任总统迪奥斯达多·马卡帕加尔发布了第28号总统公告，宣布1962年6月12日为整个菲律宾的特殊公共假日。1964年，第4166号共和国法案将独立日的日期从7月4日改为6月12日，并将7月4日假期改为菲律宾共和国日。
菲律宾于每年6月12日庆祝独立日（Araw ng Kalayaan），是为纪念菲律宾脱离西班牙从1565年至1898年的殖民统治而设立的节日。在1964年被正式命名为“菲律宾独立日”之前，6月12日是该国的“国旗日”。1965年，前总统Diosdado Macapagal颁布第374号总统令，将“国旗日”重新定为5月28日，旨在纪念1898年5月28日，在
甲米地省爆发战役中首次升起菲律宾国旗。
1994年，前总统蓝莫斯颁布179号行政令，将独立日的庆祝时间扩展到从5月28日到6月12日。该行政令同时要求，每年节庆时期，各政府部门、机构、办公室、政府所有和控制的公司、国家机构和地方政府单位，甚至私人机构均应在其公共建筑、政府建筑、官邸的显著位置悬挂国旗。此外，该行政令还要求，在这一时期，教育部应与私营行业、非政府组织、社会团体协调，在所有公共广场悬挂国旗，并尽量在所有私人建筑和住宅中展示国旗，以庆祝国家独立。2024年6月12日，该日是菲律宾第126个独立日。
菲律宾独立日是菲律宾为纪念菲律宾于1898年6月12日从西班牙殖民统治下获得独立而设立的国庆日，标志着西班牙对其长达300多年殖民统治的结束，这对菲律宾产生了重大的政治、社会和经济影响。
2024年6月12日，中国驻拉瓦格领事馆馆长领事任发强应邀出席在北伊罗戈省政府大楼前广场举行的北伊省庆祝菲律宾第126个独立日庆典。同日，中国驻达沃总领事赵秀珍出席达沃市政府庆祝菲律宾独立126周年活动，同菲律宾副总统莎拉·杜特尔特、达沃市政府人员和外国驻达沃领团代表友好寒暄。