尼罗河干流在乌干达境内的南段。南起维多利亚湖北口（金贾附近），西北流，经基奥加湖，至蒙博托湖北口。全长416公里。因受湖泊调节，年内流量变化小，在602—741米3/秒之间。上游段流经高原，下游段陡落断裂谷地，多瀑布、急流，建有欧文瀑布水电站。纳马萨加利至马辛迪间可通航。河口有喇叭状沼泽三角洲，多喜湿植物和水禽。