赖正维教授长期从事中琉关系史的研究。迄今在《
台湾研究》《
中国边疆史地研究》《
福建师范大学学报》《
海交史研究》《华人华侨历史研究》《
东南学术》等刊物发表中琉关系史研究学术论文三十余篇。已出版的著作有《康熙时期的中琉关系》《
清代中琉关系研究》。其中，《康熙时期的中琉关系》2007年获
福建省福州市第六届社会科学优秀成果
二等奖。2014年12月还任副主编，出版了《琉球文献史料汇编》（上下册）。曾发表专著《康熙时期的中琉关系》以及《清康乾嘉时期的中琉贸易》《“球案”与近代中琉日三国关系》《略论明清时期福建生产技术在琉球的传播》《清政府对中琉交往活动中违法事件的处置》等二十余篇中琉关系研究学术论文。此外，她还是
福建师范大学福建省重点学科
世界史的学科带头人，独自主持了两项国家社会科学研究基金项目《闽人三十六姓与琉球关系研究》和《清末中琉日关系研究》；一项人文社会科学重点研究基地项目《钓鱼岛问题资料的收集与论谈》。2011年10月至2012年9月，获
日本国际交流基金资助，主要研究课题是“闽人三十六姓与
冲绳县社会”。