喀什噶尔河流域由
克孜勒苏柯尔克孜自治州河、
盖孜河、库山河、
依格孜牙河、
恰克玛克河、
吐曼河、布谷孜河等7条组成。年均径流量45.9亿m3,总人口250万,灌溉总面积511万亩,其中耕地371.5万亩。流经乌恰、疏勒、伽师、巴楚、阿瓦提等县,最终流入塔里木河。上个世纪因截流至巴楚县的阿纳库勒水库,其下游已经干涸,从农一师3团起原河道成为自然排碱渠,水量不大,但常年有水。
在
巴楚县的阿纳库勒水库建成后,喀什噶尔河的下游部分已经干涸。流经
新疆生产建设兵团第一师三团以下的河段,由于长期缺水,已经转变为了自然排碱渠,这一变化对当地的生态环境产生了影响。