配体结合是指酶或受体与特定小分子之间的相互作用。这种结合通常发生在蛋白质分子的一个疏水区域，即所谓的配体结合区。

酶或受体的配体结合区通常是其蛋白分子内部的一个疏水性口袋。在这个区域内，小分子能够与酶或受体紧密结合。在非虚拟筛选的过程中，能够与酶或受体结合的小分子一定是在其活性结合位点上发生作用。这些结构信息可以通过查阅公共的PDB数据库来获取，其中包含了已知的酶或受体及其配体的配位化合物结构。

尽管大多数情况下，配体结合发生在酶或受体的单一活性结合位点上，但在某些特殊的情况下，如激动剂或拮抗剂等不同类型的配体，它们的结合方式可能会有所不同。即使在同一类别的配体之间，也可能存在着不同的结合模式。