行太仆寺是明朝的一个官署名称，成立于洪武三十年（1397年）。该机构在山西省、北平市、陕西省、甘肃省、辽东等地设立分支机构，设有卿、少卿、寺丞等官员职位，其品级与太仆寺相同。

行太仆寺主要负责管理边境地区如卫所、营堡的马政事务。这些职责包括对马匹的印烙、分配、税收以及繁殖养殖等方面的监督。每年春秋季，行太仆寺会检查马匹的数量变化、年龄和颜色等情况，并每三年进行一次全面核查。在此过程中，布政司和按察司无权参与，如果出现马匹损失的情况，将由兵部上报皇帝并予以相应处罚。

随着永乐十八年（1420年）明朝迁都至北京，当地的行太仆寺被提升为正式的太仆寺。