该剧于1993年9月10日于
FOX电视台电视台首播第一季，讲述了调查局的一个部分解决超自然案件的故事。
一九九三年九月在
二十世纪影业电视台首播X档案，首集于当年春天开始拍摄。内容为联邦调查局特别探员史卡利被调入和另一特别探员穆德一同办理X档案。穆德因其妹莎蔓莎幼年失踪，怀疑是被外星人绑架而对研究外星人产生兴趣，联邦调查局当局希望借史卡利的科学观点把穆德拉回主流。结果是，史卡利也陷入X档案中而不能自拔。本季内容除了外星人，还有不可解释的自然现象、
突变的怪兽、古老的咒语与传说。本季结束于深喉咙被射杀，X档案被终结。