巨野汽车站隶属于菏泽交通集团，属国有二级车站，位于巨野县城人民路60号，占地面积21亩，建筑面积2500平方米，有干部职工137人，设有9个科室，3个片区，4个卫星站，日平均发送班次476个，发送旅客3190人次。

巨野汽车站现拥有的营运车辆中：城乡班车200余部，跨省、区、县班车100余部，其中100万元以上的“沃尔沃”、“尼奥普兰”、“大宇汽车公司”、“现代”等高档车占80%以上；客运线路近百条，辐射北京市、上海市、天津市、山西省、河南省、江苏省等省市，山东省各市均有直达班车，通车里程2万多公里，并长年办理包车、旅游等业务。为了适应旅客运输发展的需要，发挥城市窗口的重要作用，巨野汽车站投入巨资对车站硬件设施进行了更新改造，候车室安装了冷暖设施，电子监控系统，始发班次屏幕显示服务系统，采用了微机售票、条码横坐标等自动化程序。车站服务宗旨是：安全第一、旅客至上。经营理念是：真诚到永远、满意在车。

巨野汽车站领导班子以超前的眼光，敏锐的洞察力，以人为本的经营管理模式，为巨野县的经济腾飞起到了关键性的桥梁作用。连年来被山东省交通厅、菏泽交通集团评为“先进单位”、“先进党支部”、“企业管理先进单位”、“安全管理先进单位”、等称号，巨野县委、县政府授予的巨野县“文明单位”、“门前三包先进单位”称号，菏泽市人事局、菏泽交通局授予的全市交通系统“先进单位”、“先进党支部”、、“安全管理先进单位”等称号，并多次获得山东省交通厅授予的“文明汽车站”称号。