北京大学科学研究部是隶属于中央领导的部门，主要负责学校的理学与应用科学研究相关工作。其职责涵盖学科规划与学科基地建设、重大科研项目的组织协调、科学研究基金和项目的管理、国内外学术会议的协调组织以及科研成果奖励、专利的申报、管理和统计。

科学研究部下设有多个内设机构，分别为重大项目办公室、基础研究办公室、基地建设办公室、成果专利办公室和综合办公室。

由韦宇担任主任，范少锋任副主任。该办公室的工作主要包括"973""863"科技支撑计划（原"攻关计划"）等科技部各类专项、发改委项目的策划、组织和协调，以及这些项目的经费管理和统计。此外，还负责科研管理系统的建立和维护，以及教育部年度科技统计。

由蔡晖担任主任，马信任副主任，周锋为职员。该办公室负责组织、协调和管理国家自然科学基金、教育部各类项目、北京市及其他省市部委项目。同时，也对这些项目和其他类型的基金、企事业单位委托项目及其经费进行管理与统计，并建立和维护科研项目经费管理系统。

由郑英姿担任主任，何洁任副主任。该办公室负责科研基地的建设和规划，同时也涉及交叉学科机构和校内研究机构的相关工作。

由张铭担任主任，顾邱岚为职员。该办公室负责各级、各类科技奖励成果的申报和管理，科技成果的鉴定，以及知识产权相关的管理工作。此外，还负责各类奖励的统计和发放。

由张琰、廖日坤、杨凌春等人组成。该办公室负责策划、组织和协调海外企业、国外政府机构、海外基金会、我国科技部以及其他相关部门发布的国际科技合作项目，并对其进行管理和统计。同时还负责审核和管理这些项目的国际科技合作合同。

由王秀华担任主任，周锋任副主任。该办公室负责处理上下级公文传递、信访接待，内部事务和离退休人员事务，以及会议组织等工作。