历史吉山火车站始建于1911年，是广九铁路（华段）首批建成的车站之一，当时距离大沙头站16公里。 1959年12月，按照建设广州铁路枢纽的规划，广铁集团在吉山火车站修建了危险品仓库，在车站东侧征地34亩，先建一股货物线及80平方米的简易仓库；1968年建成第二货物线，扩建货物线4股，建成危险品仓库6座。 1988年至1989年间，又先后兴建了自吉山站出岔的吉山乡、珠村乡危险品专用线等支线。

目前吉山火车站是广州市周边的铁路货运站之一，也是黄埔区新、旧两港的转运点，已不办理办理旅客乘降、行李、包裹托运、整车货物发到，仅办理专用线、专用铁道整车货物发到。

吉山火车站始建于1911年，是广九铁路（华段）首批建成的车站之一，当时距离大沙头站16公里。抗日战争期间，日军为打通海陆联运的交通线，于1940年着手修筑黄埔港支线，但并不采用国民政府于1937年设计的石牌出岔方案，而是自吉山站出岔另修黄埔港支线，接通黄埔港。

1949年10月，广九铁路华段改称广深铁路。1966年，建成了省物资厅仓库、省援外仓库专用线，均接轨于吉山火车站。1984年开始修建第二批危险品仓库，于1986年正式投入使用，至此吉山站危险品仓库成为中国国内排名第三、华南地区最大的危险品仓库。1988年至1989年间，又先后兴建了自吉山站出岔的吉山乡、珠村乡危险品专用线等支线。截至1988年，吉山火车站为四等站，建筑面积2135平方米，站房为钢筋混凝土结构，有候车室、信号楼、运转室及站台，共建有6条股道、2个站台，并有5条企业专用线联轨，年客运量为2.45万人次，货运量10.6万吨。

但随着广深铁路历次提速，停靠吉山火车站的旅客列车数量越来越少，至2000年代初，每天仅余下一对旅客慢车停靠；随着广深铁路最后一对慢车8443/8444次于2003年停运，吉山火车站再没有旅客列车停靠。2005年7月起，吉山火车站停止所有危险货物办理业务，标志着吉山站危险品仓库在使用了近半个世纪后正式关闭。