终于达成少年时代的梦想而成为
宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于
塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到
地球的海底世界
蓝色 面积，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了。威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的
高斯再次出现。
《高斯奥特曼2：蓝色行星》是《超人力霸王高斯》电视版结局的后日谈，故事发生在电视版结局2年后。在电影中首次登场了全新的另一位巨人“
奥特曼正义”。电影的拍摄地点包括
塞班岛，应
北马里亚那群岛旅游局的要求，电影在塞班岛上进行了大规模的拍摄。
电影的主题曲为“
奥特曼コスモス〜君にできるなにか”，由Project DMM演唱。