由于中国国家足球队2009年11月还将参加两场2011年亚洲杯外围赛比赛，因此
中国足球协会超级联赛落幕的时间初定为2009年10月31日。本赛季持续时间长7个多月，赛程主要被分割成三个时段，第一时段是在2009年3月21日到5月24日进行10轮比赛，第二时段是在2009年6月13日到7月5日进行5轮比赛，8月2日至8月8日，再打两轮，然后又歇上两周，第三时段是在2009年8月22日到10月31日进行剩余的比赛。
2009年10月31日（星期六）联赛最后一轮，
北京市国安以4–0击败
浙江绿城足球俱乐部后，成为本届
中国足球协会超级联赛的冠军，这是北京参加中国足球职业联赛16年中首夺顶级联赛冠军。同时，北京是目前唯一一支能够以不足一半的胜率（仅得43%）而夺得联赛冠军，其51分的积分亦是近年失分最多的冠军队伍（共失39分）。北京国安会联同亚军的
长春亚泰足球俱乐部、季军的
河南嵩山龙门足球俱乐部确定了明年
2011年亚冠联赛的参赛资格。而
山东泰山足球俱乐部泰山，
上海申花足球俱乐部以及
天津津门虎足球俱乐部积分相同，需要计算彼此间胜负关系来确定名次，最终山东鲁能成绩最好，与其它三支俱乐部一起获得了亚冠资格。这其中
河南省是首次参与这项
亚洲最高荣誉的赛事。
浙江绿城足球俱乐部和
重庆两江竞技足球俱乐部排名最后两位，原定降级至2010年中甲联赛。但是，由于在中国足坛
反赌风暴中被查明曾实施贿赂行为，
成都天诚足球俱乐部和
广州足球俱乐部受到
中国足球协会的处罚，取代原定降级的杭州绿城和重庆力帆，降级至
中国足球协会甲级联赛。