朱公书院坐北朝南,由山门、过厅和后楼等建筑组成。山门为1984年重建的硬山式建筑,采用黛色蝴蝶瓦覆盖屋顶。正门上方悬挂着“朱公书院”的匾额,由当代亳州书法家张荫庭题写。山墙上嵌有一块记载书院历史的石碑,由吴楚奇于康熙四十六年撰写。过厅为圆山卷棚式建筑,采用五架梁结构,屋顶铺设灰筒瓦。柱头上装饰有圆雕悬狮和垂鱼,檐枋上则刻有精细的大木立体透雕,展现了丰富的戏剧和花卉图案。后楼是一座两层的尖山式硬山建筑,采用砖木结构,同样以灰筒瓦覆顶。底层用于供奉朱之琏。
自建成以来,朱公书院一直是
亳州市人民祭祀朱之琏的重要场所,其香火长存,反映了朱之琏在当地人心目中的崇高地位。