《秘制大黄清宁丸方》是由清代内府编纂的一部方书类中医著作，全书共有一册。该书完成于清朝爱新觉罗·颙琰十六年（1811年）。书中主要介绍了大黄清宁丸的制作方法及其适用于多种内科疾病的治疗方案。

《秘制大黄清宁丸方》详尽地记录了大黄清宁丸的制造过程以及其能够有效治疗的内科疾病多达一百四十三种。对于每一种病症，书中还特别指出了相应的引导药物，这些引导药物的选择因病而异。这部作品对于深入研究大黄的功效和临床应用具有重要的参考价值。

目前保存有光绪十一年（1885年）由朱氏槐庐刻印的版本，该版本收录于《平津馆丛书》之中。此外，《秘制大黄清宁丸方》也可见于《丛书集成初编》及其他相关文献中。