农学院下设农学、
植物保护两个系，包含8个教研室，以及院办和学生工作办公室等行政机构。学院高度重视专业和学科建设，拥有多个硕士学位和博士学位授权学科，包括作物栽培学与耕作学、作物遗传育种学、植物病理学、菌类作物学和农业昆虫和害虫防治等。此外，还设立了博士后流动站。学院建设有教育部食药用菌产业化工程中心、
吉林省大豆区域创新中心等多个研究机构和实验室，配备先进的教学、科研仪器设备，总价值达900万元。
学院坚持教学工作为中心，积极推进素质教育，不断提升教学质量和人才培养水平。《植物生理学》和《作物遗传育种学》等课程被评为省级优秀课程。学院获得了多项国家级和省级教学改革研究成果奖项。学院建立了完整的实验教学体系和多个校外实践教学基地，本科毕业生就业率达到95%以上。
学院科研成果丰硕，“九五”以来，承担了百余个国家、省部级项目，获得六十余项国家、省部级奖励，培育了四十多个农作物新品种。学院积极参与地方经济发展，完成了多个重点项目，为地方经济作出了贡献。学院还获得了“科研管理工作先进学院”等多项荣誉。
学院积极开展国际交流与合作，与多个国家的高校和科研机构建立了合作关系。2001年，农学院成为国际
热带农业研究中心等机构支持的“参与式教学模式”研究网络单位之一。2006年，建立了“中俄菌类资源保育与研究中心”。
农学院拥有多位知名学者和教授，如中国工程院院士
李玉、植物病理学教授高洁、菌物研究所常务副所长
图力古尔、教授
王玉兰、农学院院长
王丕武、水稻研究所所长马景勇、作物高产理论与实践研究专家吴春胜、教授
徐克章、作物育种教研室主任杨伟光、植物病理学教授杨信东等。