国民经济部门结构是指国民经济各个部门在整个国民经济体系中所占的份额（或比重）及其相互关系的总和。这些部门在社会劳动分工体系中具有独特的生产或活动条件，在扩大再生产过程中发挥着特定的作用。每个部门由多个经济单位或社会机构组成，这些单位或机构共同完成相同的经济职能或提供同种劳动。在一定时期内，各部门在社会总产品、国民收入或社会经济资源的总量中均占有一定的比重。

国民经济部门分为物质生产部门和非物质生产部门两类。在中国，工业、农业、建筑业、运输业、商业属于物质生产部门；而科研、文化、教育、体育、卫生保健、公用事业、机关团体等则归于非物质生产部门。在各个部门内部，还可以按照不同的特征进行更细致的划分。例如，工业部门可以细分为能源工业、原材料工业、机器制造工业、食品工业、纺织工业等多个子部门；农业部门则包括种植业、林业、畜牧业、渔业等不同领域。这些细分的部门构成了更高层次的部门结构。

国民经济部门结构受到多种因素的影响和制约。其中包括社会需求、劳动分工的发展、资源数量及构成、科学技术的发展水平、经济组织形式和管理模式的有效性、参与国际分工的程度等因素。在不同的经济体制下，部门结构的形成和发展方式也有所不同。在简单的商品经济中，价值规律起到了重要的调节作用。而在资本主义经济中，平均利润率规律则是主要的调节机制。在现代垄断资本主义经济中，部门结构的变化受到了追求最大利润的垄断资本家的控制。相比之下，在社会主义制度下，由于生产资料实行公有制，部门结构的形成和发展是以有计划的方式进行的，旨在最大程度地满足人民的物质和文化生活需求。

社会主义国家合理的部门结构应以实现最大的国民经济效益为目标。具体的衡量标准包括国民经济的可持续、稳定、协调发展，以最小的劳动投入获得最大的社会效益，充分利用人力资源、物力资源、财力资源和自然资源，积极利用国际分工和对外贸易，促进技术进步和劳动生产率提高，以及更好地满足人民的物质和文化生活需求。