有孔虫界（Rhizaria）为原生生物的一条主线。它们的形态差别很大，但主要部分均为变形虫状（amoeboid）并有丝状、网状或小管型支撑的假足。她们部分会制造可能有复习结构的外壳或骨架，而这些外壳或骨架成为绝大部分的原生动物化石。她们差不多全部都拥有管状脊的线粒体。

有孔虫界分为三类

各种各样的阿米巴虫及须苔属（flagellates），通常拥有丝状的假足，在土壤十分常见。

变形虫状、拥有网状假足，通常为海洋的底栖生物（benthos）。

变形虫状、拥有轴足（axopods），通常为海洋的浮游生物（plankton）

其他类别有可能被归入丝足虫类，但部分分支则较为接近有孔虫门。她们为植物霉属（Phytomyxea）及子囊菌属（Ascetosporea），分别为植物及动物的寄生生物，与及特别的阿米巴虫Gromia。有孔虫界的不同组别主要因为基因上的相似性而被认为是近亲。她们亦被认为是丝足虫类的伸延。有孔虫界的名称Rhizaria由Cavalier-Smith在2002年提出，他亦提出了Apusozoa及centrohelid的名称。

有孔虫界为双鞭毛生物（bikonta)分支的一部分，亦包含原始色素体生物（Archaeplastida）、囊泡藻类（囊泡藻类）、古虫界（Excavata）与及其他较小、未分类的组别例如Apusozoa及中心粒太阳虫目。和其他双鞭毛生物相同，它们均源自拥有两个鞭毛的真核生物异养生物（heterotrophic）。亦有想法认为有孔虫界与古虫界有与其他组别相比，在分支称为（Cabozoa）中有较深的关系。

历史上很多有孔虫界的生物因为其机动性及异养性而被认为是动物。但自从五界系统(Five-kingdom system)替代动植物生物的二分法（dichotomy）成为主流后，有孔虫界被当为原生生物界。接着，卡尔‧伍兹（Carl Woese）刊出其三域系统。因为无核生物界（或称为原核生物界）（Monera）的侧系统性（paraphyly），分类学者把注意力转移在真核生物领域及原生生物（Protista）的固有侧系统性上。经过大量讨论后，现在讨论仍然持续，有孔虫界被归类为单源的分类。