2006年，与
中华航空等达成合作协议，海南航空集团持有51%股权。同年，开通首条
洲际酒店集团货运航线。
金鹏航空的机队曾达到27架飞机的规模。由于
海航集团破产重整等因素，机队规模自2019年起逐步缩减。截至2021年8月，金鹏航空运营飞机数量为19架。
2013年11月21日，第十届中国国际物流节暨第十三届中国国际运输与物流博览会，
长江航空荣获“2013年
中航集团物流最佳企业”和“2013中国物流业品牌价值百强企业”两项大奖。
2017年7月19日，
拉亚航空荣膺2017中国财经峰会“2017企业创新典范奖”。
2019年8月19日，2019上海民营企业100强榜单发布，
金鹏航空股份有限公司排名第65。