教宗本尼狄克二世（拉丁语：Sanctus Benedictus PP. II，？～685年5月8日）是意大利籍教皇，于684年6月26日至685年5月8日在位。他在683年被选为教皇，但是直到次年6月才获得拜占庭皇帝君士坦丁四世的批准即位。

本尼狄克二世在任期间，曾要求君士坦丁一世发出通令以宣布教皇即位无须通过皇帝批准，但此项制度后来仍然存在。他坚持前任教皇圣阿加托的指示，同意圣威尔弗里德重任英格兰约克总主教，并在任期内恢复了罗马教会的多处设施。