冯玉祥视察西南时，发现其功绩，赞其为“模范县长”。因此，1940年6月，孔福民从三等县
桐梓县调任一等县遵义县任县长，1943年，中共叛徒、
中统特务鲍沧，被派到遵义专员公署作视察，这是对外掩护的身份，实际是“中国国民党中央调查统计局黔北督导区主任”，他要派两个特务去作乡镇长，被县长孔福民拒绝。鲍沧就抓了一个记者，一个县政府的股长，以手枪逼使他们承认和孔福民、以及三个科长李祺增、吴树、钟麒麟6人是共产党支部的。孔福民押到贵阳监狱，省主席
吴鼎昌不相信这回事，将其释放，1943年4月，孔福民被委任为
独山县县长。
1944年，美、英、苏三国与中国联合修建独山机场。独山专员公署下令调集10县3万多民工，自备粮食、工具，投入现场施工。施工民工，以县为单位编中队，县长任中队长。另一个中队约200多人，由当时流入独山县境内的难民组成，名为“以工代抚”施工队。总队长由独山县县长孔福民担任。
1944年11月下旬
桂林市、
柳州市失守后，
贵州省紧急，独山县政府组织“国民抗敌自卫团”，县长孔福民兼司令，副司令罗士彬兼第1支队长，副司令
莫凤楼兼第二支队长。
1946年初，国民党行政院院长
宋子文由
天津市抵
青岛市，组织成立敌伪产业审议委员会，指定彭石年为主任委员，
杨公兆、孔福民等7人为委员。后任
青岛市财政局局长，当选第一届国民大会代表。?