1894年，中日甲午战争爆发，时黄仕林率庆字军步队四营守旅顺黄金山海岸炮台。十月底，日本第二军由辽东半岛花园口登陆。六日，攻陷金州；七日，陷
大连湾。十一日，合军犯旅顺口。当时，旅顺口清军凡六统领，群龙无首。
徐邦道致电
李鸿章，以诸将不相统属，恐误戎机。李鸿章电复，可暂归黄仕林节制。
日军进攻前，召集诸将会议，谓旅顺难保，枯守无益。十九日，用船满载重，预为登舟逃跑之计。二十一日，日军向旅顺后路陆路炮台发动进攻。在战事处于紧急时刻，黄仕林率先由老蜊嘴海岸炮台易服逃走。逃走后，为掩人耳口，“尚倩人代
电报战状”。逃至中途，舟倾落水，险些淹死，被
轮船救出得生。十二月三十一日，李鸿章电奏清廷，请旨将黄仕林“即行革职，永不叙用，以示惩儆”。旋以临阵逃脱罪被逮问，定斩监候，入狱。后以银三万两贿赂
瓜尔佳·荣禄，竟获开释，恢复原衔，授
武卫军统领，行卒。