安徽合肥桂冠足球俱乐部成立于2016年7月1日。成立后不久，球队便开始参加各类足球赛事。2017年，他们在中国足球协会业余联赛中表现出色，最终获得了亚军的成绩，这也标志着他们正式进入中国足球协会乙级联赛的行列。然而，在2018年的中乙联赛期间，由于拖欠球员薪资的问题，俱乐部于同年7月11日被中国足协取消了参赛资格。