南京地铁5号线全长37.4公里，全部为地下线，全线设车站30座，其中换乘站14座。南京市发改委在批复中指出，同意该工程推荐线路方案。线路起自既有S1线
吉印大道站，沿吉印大道向东走行，下穿
机场高速公路，向北下穿九龙湖，之后转向诚信大道向东走行，后向北沿竹山路、土山路敷设，在下穿土山机场、
宁杭高速铁路、
京沪高速铁路及绕城高速后，沿南部新城内部规划国际路和冶修二路行进，接着左转进入光华东街、建康路、
升州路，后沿
莫愁路、
上海路、中山北路北行，下穿郑和中路高架后，向西北转入规划下关大道、规划滨江路，在方家营路路口设终点站方家营站。