日本国立大学（英文：Japanese National University），是由日本国家政府直接设立的大学，由国家全额出资建立。自2004年4月1日起，根据《国公立大学法》，所有日本国立大学均成立了独立的日本国立大学法人组织。目前，
日本共有86所国立大学。2016年，日本政府开始评选部分最高水平的国立大学，并将其命名为指定国立大学，以进一步促进日本国立大学系统的改革。2020年4月，
名古屋大学和
岐阜大学的国立大学法人将合并为同一个
东海国立大学机构，以共同管理这两所国立大学。这一新的国立大学法人管理模式将有助于促进日本国立大学系统的进一步改革。
日本的高等教育机构根据设立主体的不同，可以分为国立、公立、私立三种。国公立大学中，国立大学总数为86所、公立大学91所，基本上都是一流大学。国公立大学与
私立大学不能设置硕士学位点和博士学位点不同，国公立大学都设有硕士和博士学位点。国公立大学由日本政府设立，学费较私立更低廉（50%），同时国公立大学有数量少、招生严格等特点，考取难度较私立大学难度更大、世界学术排名和知名度更高。
2012年TIMES世界排中，TOP200中有将近10所日本大学入选。
日本公立大学都设有大学院（研究生院），开设硕士、博士课程。就读日本国立大学大学院的学生持有留学签证，申请奖学金、享受
医疗保险、就业、交通费折扣等方面较
私立大学拥有更多的报销政策和优惠补贴。
在专业方面，日本国公立大学的设置也比较齐全。其中，既有
东京大学、
京都大学、
东北大学、
大阪大学等知名度高的
综合性大学，也有
东京工业大学、
京都工艺纤维大学、
北九州大学等侧重某些专业的大学，更有大阪教育大学、
政策研究大学院大学、
奈良科技大学等综合排名不高，但在某些具体领域代表了教育最高水平的学校。
大学里的“大学院”是实施研究生教育的机构，有硕士（学制2年）、博士（学制3年）学位授予权。有些学校硕士课程和博士课程分别设立，有些学校是合在一起设立，分博士课程前期2年，博士课程后期3年，前期课程2年也视为硕士课程。
短期大学和高等专门学校只能实施大学专科教育，学制2-3年，颁发专科毕业证书，不能授予学位。
在学部和大学院里，除攻读学位的正规学生外，还有“旁听生”、“履修生”和“进修生”。这三类学生都不能获得毕业证书或学位证书，只有“履修生”修读的
学分被承认。学部不招收“研究生”。