清朝光绪十一年（1885年），慈禧命醇亲王奕譞营造仪銮殿，光绪十四年（1888年），仪銮殿落成。此后，这里成为慈禧日常起居之所。1900年，
八国联军攻占北京，仪銮殿被联军统帅、
德国的
阿尔弗雷德·冯·瓦德西元帅所占用，因用火不当，仪銮殿起火焚毁，1902年，西逃的慈禧重新回京，又耗资500余万两白银对已经焚毁的仪銮殿重建，并将其改名为佛照楼。1911年，中华民国成立后，袁世凯将佛照楼改名为怀仁堂。1952年10月，
亚洲及
太平洋地区和平会议在怀仁堂举行，为了这次会议，怀仁堂进行了大规模的翻修。1954年9月15日15时，中华人民共和国第一届全国人民代表大会第一次会议在中南海怀仁堂开幕，1955年9月27日，在怀仁堂举行了授衔授勋典礼。
清朝光绪十一年（1885年），慈禧命醇亲王奕譞营造仪銮殿，费用主要由各地海关关税中提取，光绪十四年（1888年），仪銮殿落成。此后，这里成为慈禧日常起居之所。
戊戌政变后，慈禧太后将
光绪帝囚禁于瀛台，慈禧太后开始在仪銮殿亲自理政。仪銮殿取代了紫禁城成为了清朝的政治中心。
1900年，
八国联军攻占北京，仪銮殿被联军统帅、
德国的
阿尔弗雷德·冯·瓦德西元帅所占用，成为联军指挥部。1901年4月18日，瓦德西的中国厨师因用火不当，仪銮殿起火焚毁，导致一名德国人丧生。1902年，西逃的
慈禧重新回京，又耗资500余万两白银对已经焚毁的仪銮殿重建，并将其改名为佛照楼。1908年，慈禧病逝于此。
1911年，中华民国成立后，袁世凯将佛照楼改名为怀仁堂，并在此接见外宾、接受
元旦朝贺。袁世凯死后，灵堂亦设于此处。其后
黎元洪、
徐世昌也沿用怀仁堂。
曹锟就任总统后，将怀仁堂改为眷属居住场所。
北洋政府结束后，怀仁堂长期闲置，成为当时北平市政府举办集体婚礼的场所。1949年，中国人民解放军占领北平，中共中央成立了中南海布置科，周恩来在怀仁堂的位置用红笔圈了个圈，意为怀仁堂是整个中南海建筑修缮的重点，拟作为政治协商会议会场。9月21日19时，
中国人民政治协商会议第一届全体会议在中南海怀仁堂开幕。9月30日下午，中国人民政治协商会议第一届全体会议在中南海怀仁堂举行闭幕会。
1952年10月，亚洲及太平洋地区和平会议在怀仁堂举行，为了这次会议，怀仁堂进行了大规模的翻修，改建成为一座足够900人开会的大礼堂，舞台部分加高扩大，新安装通风设备，还有中英俄西四国同声传译设备，来自37个国家的414名代表出席了会议。1954年，七届四中全会在怀仁堂处理了高岗、饶漱石。1954年9月15日15时，中华人民共和国第一届全国人民代表大会第一次会议在中南海怀仁堂开幕，毛泽东主持开幕式，并作了题为《为建设一个伟大的社会主义国家而奋斗》的开幕词。1955年9月27日，在怀仁堂举行了授衔授勋典礼，朱德、彭德怀、贺龙、陈毅、罗荣桓、徐向前、聂荣臻、叶剑英被授予元帅军衔。1976年9月9日，毛泽东逝世。同年10月6日，中央办公厅通知中央政治局常委到怀仁堂开会，研究
毛主席纪念堂的
选址问题。
在光绪二十七年（也就是1901年）的时候，仪鸾殿遭遇了火灾，被大火给烧毁了。到了光绪二十九年（也就是1903年），就在原来仪鸾殿的地址上开始重新修建它。新修的仪鸾殿有五间的宽度，屋顶是卷棚顶的样式，外面还环绕着围廊。在它的东西两边各有配殿，配殿都是五间。东边的配殿名字叫多福斋，西边的配殿称作益寿轩。仪鸾殿后面还有一座殿，叫德昌殿，也是五间宽。再往后走就是延庆楼了。另外，仪鸾殿的东西两边各有长长的走廊，这些长廊是仿照颐和园长廊的样子建造，1949年未改建前，怀仁堂是个大四合院，南面是大门，东、西、北三面各有5间房。
仪弯门前有五丈长的影壁墙座，上面雕琢有山水亭榭，仿造紫禁城
宁寿宫皇极门前九龙壁而作。殿前有
景泰蓝铜狮两尊。
1967年2月11日和16日，周恩来在中南海怀仁堂主持召开中央碰头会(即怀仁堂会议)。桌子两旁一边有七位军委副主席、国务院副总理和余秋里、谷牧，一边有陈伯达、康生等"中央文革"成员。在这两次会上，围绕着"文化大革命"要不要党的领导，应不应将老干部统统打倒，要不要稳定军队等重大原则问题，展开了针锋相对的斗争。2月14日下午的碰头会上，叶剑英站起来指责了康生、陈伯达、张春桥一伙人。2月16日下午，继续开碰头会。会上谭震林、陈毅、李先念、余秋里等继续对"文化大革命"错误做法提出批评。谭震林越说越气，夹起皮包要退出会场。周恩来、陈毅连忙劝阻。散会后，张春桥、王力、姚文元立即向江青汇报，并于当晚拼凑了一份歪曲事实真相的所谓《二月十六日怀仁堂会议》材料，捏造罪名，诬陷老同志。当即亲自安排，由张春桥、姚文元等向毛泽东告状。毛泽东听了他们的汇报后，对这些老同志否定"文化大革命"很不满意。2月19日凌晨，毛泽东召集部分政治局委员开会，严厉批评了在怀仁堂会议上提意见的一些老同志，责令他们检讨。周恩来也作了检讨。