该动画是《
果宝特攻》系列的第二部动画。前作为《果宝特攻》，续作为《
果宝特攻3》。讲述了“三剑客”历经重重苦难，机甲在莲珠的洗礼下得到重生，三人不断提升自我，获得新的技能和必杀技的故事。
成功拯救水果世界后，水果们在花果山大合唱庆祝胜利，不料造成第七层的崩塌，伤害了七色彩莲。
东方求败为抢救彩莲，不慎被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术，但也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与
天山果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时，方丈与果姥为保存实力，一个装疯扮傻，一个诈死，还出狠招将三剑客打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会三剑客。三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。三剑客在
小果叮的帮助下捡回一命，重拾斗志誓要查出真相。各人各尽所长，历经重重苦难，机甲在莲珠的洗礼下得到重生，三人不断提升自我，获得新的技能和必杀技，对方也得到力量加强和武器升级，加上那些忍术，三人多次陷入苦战。三剑客屡败屡战，在失败中成长，众人在花果山汇合，迎来与东方求败的终极一战。
2012年1月20日已正式完工，于2012年1月31日首播，在叙事风格上继续沿用风靡2009年动画界的前作《
果宝特攻》的幽默与深刻，角色既风趣可爱又极富正义感的特色，还有更精致的画面和更大气的打斗场景。