内生菌根是真菌菌丝穿入到维管植物的根部细胞里，在细胞内进行繁殖。内生菌根外表形态不明显，肉眼难以观察到，要经过染色，在显微镜下才可看到。内生菌根发育在草本植物中较多，兰科具有典型的内生菌根，此外许多树木也能形成内生菌根，如柏、雪松、红豆杉、核桃、白蜡树、杨、、杜鹃、槭、桑、葡萄、李、柑橘、茶、咖啡、橡胶等，组成菌根的真菌类型比较原始。

可以增加植根部吸收面积，可促进作物生长，增加对水分、矿物营养之吸收能力，特别是对于磷肥的吸收，提早开花与结果，增加花朵数，提高幼苗移植存活率，并可中和重金属毒害，增加植株耐干旱及病害之能力等。

内生菌根菌是微生物之一种，微生物肥料制剂不是肥料，但有肥料之功能。由於这类真菌在感染寄主植物根部後，其根外菌丝可延伸数公分，增加植根部吸收面积，可促进作物生长，增加对水分、矿物营养之吸收能力，特别是对於磷肥的吸收，提早开花与结果，增加花朵数，提高幼苗移植存活率，并可中和重金属毒害，增加植株耐乾旱及病害之能力等，是目前被为最有效益及发展潜力之「生物肥料」。

内生菌根菌之接种效果愈早愈好，通常於育苗期实施，采用穴盤育苗，将作物培养土与内生菌根菌微生物肥料依使用说明以一定之比率混匀後，充分浇水，将催芽後种子播种於培养土上，再覆盖一层培养土即可。施用上应注意：

1.栽培之作物必须为菌根作物，否则菌根菌不易感染。

2.于使用菌根菌接种源时须注意接种源孢子密度及活力。

3.避免用过量磷肥，磷肥施用量应在一般推荐量之内或减半。

4.育苗期避免灌注土壤杀菌剂。

5.接种源应贮放在阴凉通风或者放在摄氏度 4 度冷藏（冰箱下层处），以确保菌种活力。

兰科植物的种子由于是以未分化状态休眠，所以菌根形成时其发芽起着很大作用。一般认为这是由于真菌吸收各种有机化合物，使它成为兰科植物可利用的物质，但对同化游离氮素的情况尚不了解。

此外，外内生菌根（ectoendotrophicmycorrhiza）是菌丝伸展薄壁组织的中层，并向各细胞内伸入树枝状的吸器而生活的菌根，见于草莓（草莓属 chilonsis var，ananassa）的根等。