屯门码头，又称屯门客运码头或屯门渡轮码头，位于新界屯门新市镇南部的蝴蝶湾，海翠花园对出。该码头于1986年11月启用，是香港特别行政区第三个连接港澳的渡轮码头。屯门码头设有3个泊位，每小时可处理800名过境旅客。在1990年代末和2000年代初，由于屯门区道路的交通拥堵严重，屯门码头的渡轮服务曾作为通往香港岛中环的交通替代方案。

早在1920年代，油蔴地小轮曾经开办一条由中环往大澳的渡轮航线，途中经青衣岛、荃湾、汀九、青山湾等地。但航线较迂回，航程需2至3个小时，而且每天只开一班。此航线乃屯门最早到港岛的交通。

屯门新市镇落成后，对交通的需求十分殷切。为舒缓屯门公路的负担，小轮公司看准屯门至港岛的需求，于1981年10月19日从该航线中分拆出新线，往来中环至屯门，全线采用水翼船行走，每天早上至傍晚提供服务；而香港政府先于1981年于友爱邨的南面（即现时丰景园附近）兴建临时码头，香港政府及后决定于蝴蝶湾一个永久渡轮码头，并于1986年11月落成启用。初期码头提供往中环之飞翔船服务，往中环仅需40分钟，受到当地居民的欢迎。更成为新界航线中最多客量及营收最高的一条，因此到后期不但增设双体船服务，更增添屯门区至湾仔，以及中环至黄金海岸的航线。1991年，屯门区的地区人士已倡议在屯门码头开办澳门航线，但当时政府以码头空间不足、投资额过高，以及当时跨境码头未达饱和等原因拒绝建议。

然而，随着中环码头搬迁，加上1997年西区海底隧道落成后，途经西区海底隧道往香港岛的九巴960线（来往屯门建生至湾仔码头，经良景、大兴、屯门市中心、屯门公路、汀九大桥、长青隧道、西九龙地区快速公路、上环、中环及金钟）及过海隧道巴士961线（来往山景邨至湾仔会展，经屯门大会堂、安定友爱商场、海典轩、屯门公路、汀九大桥、长青隧道、西九龙快速公路、上环、中区、金钟）投入服务后，大大缩减来往屯门区及香港岛的时间，而且收费较渡轮低廉（当时渡轮的收费是港元20多元，而且未包括转乘轻铁的费用），再加上毋须转车的方便，故此抢去绝大部份渡轮乘客，导致香港小轮于1999年4月1日起改由信德集团船务接办，不过客运量未有改善。

另外城巴过海隧道巴士962线系路线（往来屯门南部至香港岛）于1998年上半年的开办，令渡轮的客量更雪上加霜，最后支持不住，航线最终于2000年7月永久停航，接近80年的屯门至中环的渡轮服务历史正式划上句号。

愉景湾航运也曾经在此开办来往赤鱲角码头及东涌发展码头的航线，后于2003年停航并由新世界第一渡轮接办，于2004年因赤腊角码头停用而改为东涌来往屯门区，并于2008年停办。

新渡轮也曾经在此开办来往屯门、东涌、沙螺湾、大澳之渡轮服务的航线，后于2008年改由富裕小轮迎辨，同时改由慧丰园公众码头上落。

2009年3月23日，富裕小轮营运的屯门往来东涌航线改由屯门码头上落。

屯门码头东面泊位原为新世界第一渡轮开办的屯门往来东涌的渡轮服务，由于严重亏蚀，因此已于2008年7月1日起停办，同年9月16日起由富裕小轮原有屯门至大澳（经东涌、沙螺湾）航线加开屯门至东涌直航班次提供。其余3个则为香港西北航运快线有限公司往来九洲港（已停航）及深圳蛇口的跨境渡轮服务。

2003年，香港特别行政区政府决定发展屯门码头成为香港第三个跨境码头，并于年底公开招标，最后由西北航运投得，初期会开办往澳门之航线，长远则扩展至珠江三角洲。而码头的改建工程经过多番延误后，最终于2005年6月23日正式开始，并预计于2006年3月完成。届时码头将会有3个泊位，每小时可处理800名过境旅客。

2003年，香港政府终于决定将屯门码头发展成为香港第3个跨境码头，并于年底公开招标，最后由香港西北航运快线有限公司投得，原计划开办往澳门航线，但澳门特别行政区政府港务局基于外港码头泊位不吹等技术和安全考虑，否决该项申请。由于申请不获批准，承办商西北航运改办至九洲港的海上客运航线服务。该码头长远计划是把航线则扩展至珠江三角洲，亦坚持要成功开办澳门航线。

而码头的改建工程经过多番延误后，最终于2005年6月23日正式开始，并于2006年9月初完成，2006年11月3日开幕，11月4日正式启航。跨境码头有3个泊位，每小时可处理800名过境旅客。

上市公司九洲发展与母公司九州港务分别持有49%及51%的珠海高速客轮，与另一上市公司奥玛仕控股姊妹公司香港西北航运快线有限公司结成联盟，并于11月4日开办来往屯门区至珠海九州港航线。九洲发展已斥资4,000万元为该航线添置两艘高速客轮“海弛”、“海琨”及提供船员，而西北航运则负责投资码头配套。珠海高速客轮计划再斥资4,000万元购入两艘高速客轮，以应付未来屯门至澳门航线的需求。

2007年6月15日，西北航运再增添一由屯门往来蛇口的航线。

但在2007年10月10日，西北航运宣布于10月11日起暂停营运往返屯门至珠海市的航线，直至另行通知为止。而往来屯门与蛇口之渡轮服务，则维持不变。

2016年9月15日，重新营运屯门区往珠海九州港航线，但中途绕经香港国际机场，耗时1小时45分钟。

在屯门码头旁边的海翠花园地面层，是一个公共交通交汇处，内有巴士及轻铁总站。

59A 屯门码头 ↔ 深水（钦州街）

59M 屯门码头 ↔ 荃湾铁路站59S 屯门码头 → 旺角（西洋菜街）只限平日黎明时分特别班次

59X 屯门码头 ↔ 旺角东铁路站

259B 屯门码头 ↔ 九龙铁路车站 只限平日繁忙时间服务

N260 屯门码头 ↔ 美孚 通宵服务

B3 屯门码头 ↔ 深圳湾口岸

506 屯门码头 ↺ 友爱

A73 天富 ↔ 屯门码头 只限平日和假日繁忙时间服务

K52 屯门站 ↔ 龙鼓滩

44 屯门码头 ↔ 上水站

44B 落马洲转车站 ↺ 屯门码头

44B1 落马洲管制站 ↺ 屯门码头 通宵服务

47S 屯门码头 ↔ 旺角（弼街）通宵服务（注：各专线小巴在湖翠路上落）

轻铁的屯门码头站，代号001，属单程车票第1收费区，共有6条轻铁路线在此站为总点站，包括:507 屯门码头总站 ↔ 田景（经市中心站）

610 屯门码头总站 ↔ 元朗总站（经大兴、泽丰）

614 屯门码头总站 ↔ 元朗总站（经市中心站、杯渡站）

614P 屯门码头总站 ↔ 兆康

615 屯门码头总站 ↔ 元朗总站（经良景、建生）

615P 屯门码头总站 ↔ 兆康