崇兴寺原址位于西什库内，为甲乙丙丁戊字，承运，广盈，广惠，广积，赃罚，西香等十余库太监兴修并管理的敬神之地。
隆庆四年，司礼监太监孟春云捐资重修。
万历八年由御马监太监
何忠首事重修，时任督察院右
都御史杨成撰碑并记。
明嘉靖三十八年，十库署库内事官监太监捐资修建了天王殿、钟鼓楼、门楼、神路与沟渠等。此后若干年间，十库太监一直鼎立维持庙貌。隆庆四年，司礼监太监孟春云捐资重修。万历八年由御马监太监何忠首事重修，时任督察院右都御史杨成撰碑并记。
入清以后，西什库崇兴寺更直接受到皇家重视。原山门石额为
康熙所书，刻有“康熙御笔之宝”，
康熙帝的尊崇极大的提高了崇兴寺的地位。翰林院侍诏曹日瑛亲自为后殿书写匾额。康熙五十六年（1717），西什库合会众善人为寺内敬造铁鼎一尊。
雍正九年（1731），寺内又铸大宝鼎一座。直到
同治年间崇兴寺仍恩荣不衰，同治五年（1866），礼亲王世铎、
爱新觉罗·硕塞弈仁、钟郡王奕诒、孚郡王
爱新觉罗·奕譓合力修庙，并献金银五供，正殿匾额记其事。
清光绪三十年（1904），是年，
西什库教堂（北堂）由蚕池口迁建至此，崇兴寺搬迁至南草厂，尼僧成活继任主持，在僧录司更名入册。成活又名月林，幼时便在本寺出家，传
曹洞宗，此后主持崇兴寺长达四十余年。
至二十世纪三十年代时，崇兴寺有前殿三间，木额“天王库神殿”，旁述寺庙迁址过程。殿内供库神坐像一尊，四大天王旁立，配祀者有关帝、药王、财神、地藏，右有佛像三尊、三世佛三尊、
真武大帝，后有韦陀。正殿五间，殿脊两角立佛像各一，身带双翼，木额曰“金光明品”，旁记礼亲王府、庄亲王府、钟郡王府、孚郡王府信众名号，内供三世佛三尊，木质金身，旁有大佛一尊、童像二位，后面
灵官一尊，拟制立像。殿前两碑，左为明万历八年《崇兴寺天王殿碑》，右为明嘉靖三十四年《崇兴寺天王殿碑》。东西配房各五间，房前枣杏吐蕊、
虎刺花喷香、、
葡萄爬架、榆树染绿，一片盎然之气。
此时庙内神像庄严、法器盛多，诚为一隅之胜境，然也招致宵小觊觎，民国二十一年（1932），寺内被窃，盗贼撬开天王殿铜锁，盗走王府供奉金银法器数件，明代三尺木胎金身
地藏王神像一尊。
据附近老住户回忆，五十年代初，崇兴寺改成了
西城区党校。1958年，神像被拉到永泰寺统一销毁，街坊们犹记当日人们奔走相告，“
慈禧游街了”，眼见昔日坛上庄严佛像，成为推车上歪七竖八的阶下囚。此后不久，崇兴寺殿宇也被拆除，西城区党校搬走。寺内后院中水井一眼，是附近不多的甜水井，僧人把它租与陈姓山东人经营，西直门大街一区之民大都仰其滋润。