生态补偿机制是指为了保护生态环境、促进人与自然和谐共生，根据
生态系统服务价值、生态保护成本、发展
机会成本等因素，综合利用行政和市场手段，调整生态环境保护和建设相关各方之间利益关系的一种制度安排。这项机制旨在通过经济激励手段，与传统的“污染者付费”原则并行，基于“受益者付费和破坏者付费”原则，实现不同地区、不同利益群体间的
和谐发展。生态补偿机制在多个领域都有应用，包括自然保护区、重要生态功能区、矿产资源开发和流域水环境保护等方面。
生态补偿机制的建立是为了贯彻落实科学发展观，推动环境保护工作的转型，从单纯依靠行政手段转向综合运用法律、经济、技术和行政手段。它是新时期环保工作任务的迫切需求，受到党中央、国务院的高度关注，并被列为加强环境保护的重要内容。《国务院关于落实科学发展观加强环境保护的决定》和《节能减排综合性工作方案》都明确提出要加强生态补偿政策的完善和试点工作的开展。尽管部分地区已经进行了初步探索，制定了相关政策，但生态补偿仍面临着复杂的利益关系调整，缺乏成熟的实践经验和完善的政策体系。因此，通过在重点领域开展试点工作，探索建立生态补偿标准体系，以及生态补偿的资金来源、补偿渠道、补偿方式和保障体系，对于全面建立生态补偿机制至关重要。
生态补偿机制的应用领域主要包括四个方面：自然保护区的生态补偿、重要生态功能区的生态补偿、矿产资源开发的生态补偿和流域水环境保护的生态补偿。这些领域的工作重点在于建立和完善相关的协调管理与投入机制，开展生态环境质量监测、评价和综合治理，以及研究建立科学的生态补偿标准体系。
浙江省在生态补偿机制的探索中一直处于领先地位，相继出台了多项政策文件，成为国内首个实施省内全流域生态补偿的省份。
江苏省也在
太湖流域开展了环境资源区域补偿试点，通过建立水质控制目标和补偿机制，促进了流域生态环境的保护。
中国的生态补偿工作正处于起步阶段，实践中存在的问题包括生态目标未能得到有效落实和经济补偿不到位等问题。这些问题可能导致政策难以持续或出现反复，甚至引发社会矛盾。此外，生态补偿机制的建立需要面对一系列挑战，包括生态补偿机制的具体内容和建立的基本环节、生态补偿的定量分析难度、生态补偿立法滞后等。这些问题表明，建立生态补偿机制是一项深远的社会利益大调整和制度创新。
建立和完善生态补偿机制的关键在于落实科学发展观，坚持以统筹区域协调发展为主线，不断创新体制机制。具体措施包括：建立“环境财政”，加大财政转移支付中生态补偿的力度；完善现行保护环境的税收政策，增收生态补偿税，调整和完善资源税；建立以政府投入为主、全社会支持生态环境建设的投资融资体制；积极探索市场化生态补偿模式；为完善生态补偿机制提供科技和理论支撑；加强生态保护和生态补偿的立法工作；确定西部生态补偿重点，突破领域；加强组织领导，不断提高生态补偿的综合效益。
生态补偿可以通过政府补偿和市场化补偿两种途径实现。政府补偿包括加大财政转移支付资金、征收“生态税”和政府“赎买”等；市场化补偿包括生态补偿费的实践、排污权市场交易模式、水权交易模式和林权制度改革等。
生态系统服务的价值理论为生态补偿提供了量化标准，有利于制定合理的生态补偿价格。