云林县政府是台湾云林县的最高地方行政机关，负责县自治的行政事务，并执行中央机关委办事项。在台湾省虚级化后，云林县的自治监督机关改为行政院各部会，同时也是辖下各乡、镇、市的地方自治监督机关。

云林县政府（Yunlin County Government）是台湾省云林县的最高行政机关，在台湾省政府架构中属于县政府位阶。由于西元1998年将台湾省政府移除“自治法人”地位并简并改组为台湾地区行政机构派出机关（有“政府”之名，而无政府之实），称为精省、冻省或台湾省虚级化，云林县表面上是直隶于台湾省政府，但事实上是直隶于台湾地区行政机构管辖。