万寿岩遗址博物馆坐落于三明市三元区万寿岩遗址保护区内，与万寿岩遗址浑然一体。

万寿岩遗址是中国重要的史前人类活动遗址，其中4万年前的人工石铺地面和排水沟槽为国内首次发现，世界罕见。2000年被国家文物局评为全国十大考古新发现首位，2001年国务院公布其为全国重点文物保护单位。

据了解，万寿岩遗址博物馆占地面积5600平方米，建筑面积2400平方米。博物馆吸纳了“土楼”建筑风格，简洁明了，古朴庄重，内设多功能会议、展览、休息等区域。博物馆分为两个展厅，第一展厅主要展示万寿岩遗址出土的文物：1000多件旧石器时代石制品、1000多件哺乳纲化石、人类最早的室内装修人工石铺地面等；第二展厅主要展示全省各地出土的石制品、1000多件哺乳动物化石和闽台史前文化等文物。

据2020年9月国家文物局信息显示，现有藏品3458件/套，其中珍贵文物503件/套，参观人数16.12万人次。

2020年12月21日，入选第四批国家三级博物馆名单。