在与德军正面激烈交锋的同时，苏联还动员、组织了德占区土地上的游击作战和地下作战。1942年初，苏联成立了中央游击司令部，对德军后方的苏联游击队进行统一领导。据不完全统计，仅就白俄罗斯和乌克兰两地，苏联的游击队和地下工作者数量可能多达150万人。当年乌克兰人民把德军当做解放者一样欢迎，然而他们在知道纳粹的真实面目后，又重新加入了反法西斯主义阵营。游击队和地下部队的活动，主要就是破坏德占区交通枢纽、暗杀德军高级将领以及破坏军事设施。这些敌后的星星之火，让德国联邦国防军本身就十分严峻的后勤和支援补充形势变得雪上加霜，以至于德军时常无法集结足够力量和苏联红军作战。

1943年2月2日，苏联最高苏维埃主席团颁布命令，设立“卫国战争游击队员”勋章，分为一级和二级，授予那些“在德国法西斯占领军后方展开的游击战争中，表现勇敢坚定的游击队员。”

该勋章分为一级和二级，采用五边形绶带，章体直径32mm，一级为银质，二级为铜质镀金。奖章正面是约瑟夫·斯大林和列宁侧面头像，周围围绕俄文“奖励给苏德战争游击队员”和五角星、飘带等图案。背面图案为镰刀锤子科技图案。这是苏联勋章首次出现斯大林形象。一级和二级卫国战争游击队员勋章，截止到1991年，共颁发了5.6万枚和7.1万枚。