北京大学女子篮球队是于1998年重新组队的一类重点代表队，主教练是花琳。现有球员15人。

2006年4月6日，第八届CUBA东北地区赛区女篮决赛在山东农业大学南校区体育馆展开，北京大学以86比83战胜天津财经大学女篮，获得东北赛区冠军。2014年6月，在第16届CUBA中国大学生篮球联赛女篮决赛中，北京大学女篮以81比73战胜北京师范大学，获得队史上首个CUBA女篮总冠军。2016年12月，北京大学女子篮球队以71比63战胜天津财经大学女子篮球队，获得第三届京津对抗赛京津对抗赛的冠军。2022年11月，“粉色风暴”首都高校第一届3x3篮球联赛在北京国贸商城粉色球场举行，最终北京大学女篮获得冠军。2024年6月30日，在第26届中国大学生篮球联赛（CUBAL）一级联赛的男、女篮全国总决赛中，北京大学女子篮球队以69比63战胜北京师范大学女子篮球队，获得冠军。

北京大学女子篮球队于1998年重新组队，于2004年被定为一类重点代表队。同年5月31日，在2004“李宁杯”北京大学生篮球联赛上，北京大学女篮49比65不敌中国人民大学女子篮球队获得亚军。2006年4月6日，第八届CUBA东北地区赛区女篮决赛在山东农业大学南校区体育馆展开，北京大学以86比83战胜天津财经大学女篮，获得东北赛区冠军。

2009年4月2日，北京大学女篮在第十一届中国大学生篮球联赛东北赛区的决赛中以62比47战胜北京师范大学女篮，继2006年后时隔三年再次捧起了象征冠军荣誉的“金篮板”。2013年4月，在第八届中国大学生篮球超级联赛大学生超级联赛中，北京大学女篮获得亚军。6月，北京大学女篮获得第十五届CUBA中国大学生篮球联赛全国亚军。次年6月，在第16届CUBA中国大学生篮球联赛女篮决赛中，北京大学女篮以81比73战胜北京师范大学，获得队史上首个CUBA女篮总冠军。2015年，北京大学女篮获得第十七届中国大学生篮球联赛中国大学生篮球联赛全国亚军。

2016年7月，北京大学女篮参加第三届亚洲三人篮球锦标赛并获得亚军。同年12月21日，第三届京津对抗赛在天津财经大学进行了的第二场的角逐，北京大学女子篮球队经过四节比赛的较量最终以71比63战胜天津财经大学女子篮球队，拿下该届京津对抗赛的冠军。2017年4月，北京大学女篮获得第十九届CUBA女子篮球联赛东北地区赛区亚军。同年8月，北京大学女篮代表新疆参加第十三届中华人民共和国第十三届运动会，获得第六名。2018年，北京大学女篮蝉联第二十届东北赛区冠军以及中国大学生篮球联赛中国大学生女子篮球联赛总决赛亚军。次年，北京大学女篮获得CUBA全国亚军。2022年11月，“粉色风暴”首都高校第一届3x3篮球联赛在北京国贸商城粉色球场举行，最终北京大学女篮获得冠军。同年7月21日，北京大学女子篮球队以75比62战胜华中科技大学女篮，获得第24届中国大学生篮球联赛女子季军。

2023年5月3日，第25届中国大学生篮球联赛东北地区赛区女篮迎来决赛，北京大学女篮逆转战胜清华大学，以70比64的比分夺得女篮东北赛区冠军。6月11日，在江苏省扬州市举行的第25届中国大学生篮球联赛女子一级联赛季军争夺战中，北京大学队以69比58战胜中国矿业大学队，获得季军。次年6月30日，在第26届中国大学生篮球联赛（CUBAL）一级联赛的男、女篮全国总决赛中，北京大学女子篮球队以69比63战胜北京师范大学女子篮球队，获得女篮全国总冠军奖杯。

北京大学女子篮球队践行体教结合的理念。

北京大学女子篮球队曾参加北京大学2020年跨年新年晚会以及北京大学五四青春长跑“奔跑吧，青年！”活动等。