国民革命军第九十军成立于1938年，原为湘军独立第9旅，后扩编为第53师。1933年，湘军独立第9旅编入国民革命军第十六军。1938年，湘军独立第9旅扩编为第90军，成为胡宗南系嫡系部队。该军隶属于抗日战争第一战区，参加豫北豫东作战，彭进之任军长。

1938年2月以驻豫绥靖公署直属保安团编组成该军。以彭进之任军长. 6月27日彭进之他调。李文继任军长、该军辖第一九五、第—九六师，各以河南保安4个团编成。第一九五师、师长原为彭进之，该师编成后即辞去师长职，由梁恺充任；第一九六师，师长原为胡伯翰7月胡升任该军副军长，军长李文兼任师长。8月王治岐接任师长职。该军编成后即担负第1战区河防任务,1938年底转隶西安行营。

该军于1938年2月由驻豫绥靖公署直属各保安团改编， 1942年3月，该军开赴陕西省驻防。1946年5月该军整编为第90师。1948年3月在瓦子街遭受重创，师长严明、整53旅副旅长韩指针阵亡、整61旅副旅长李秀岭、参谋长张辑熙被俘。1949年9月恢复第90军番号后参加扶郿战役。12月25日，该军第61师随第18兵团部在成都起义。第53师随军部突围，被歼灭。

第1战区（1938年2月——1938年12月）

西安行营（1938年12月——1939年1月）

第34集团军（1939年1月——1943年3月）

第4集团军（1943年3月——1945年2月）

第34集团军（1945年2月——1945年8月）

第38集团军（1945年8月——1946年11月）

整编第1军（1946年11月——1948年2月）

整编国民革命军第二十九军（1948年2月——1948年3月）

1938年2月成军时序列：

军长彭进之，副军长李松山，参谋长闵泽民

第195师，师长梁恺

第196师，师长胡伯翰/王治岐

1938年6月李文接任军长时序列：

军长李文，

副军长胡伯翰/李树森/曾志远/李梦笔/曹日晖，

参谋长向军次/袁亮甫/蔡文政

第195师，师长梁恺（该师1939年6月拨隶第52军）

第196师，师长李文（兼）/王治岐（该军1939年8月由军委会直辖）

第61师，师长钟松/邓钟梅（该师1938年7月调隶）

第53师，师长曹日晖/袁杰三（该师1939年3月调隶）

第109师，师长胡松林（该师1940年1月调隶，7月拨隶第16军）

第28师，师长李梦笔（该师1940年7月调隶，1942年4月拨隶第27军）

第7师，师长李用章（该师1944年4月调隶，1945年1月拨隶第3军）

1945年1月严明接任军长时序列：

军长严明，副军长黄国书，参谋长张先觉

第53师，师长袁杰三/吴俊

第61师，师长邓钟梅

1946年5月整编为第90师时序列：

师长严明，副师长黄国书/邓钟梅，参谋长张先觉

整编第53旅，旅长邓宏义（该旅1948年3月被歼灭后又重建）

整编第61旅，旅长邓钟梅/任子勋/杨德修

1948年3月陈武代理师长时序列：

师长陈武，参谋长曾文思

整编第53旅，旅长邓宏义/袁致中

整编第61旅，旅长杨德修/杨荫寰

1948年8月陈子干接任师长时序列：

师长陈子干，副师长黄焕云，参谋长萧壁光

整编第53旅，旅长袁致中

整编第61旅，旅长杨荫寰

整编第24旅，旅长张汝弼（该旅1948年8月临时配属）

1948年9月恢复第90军番号时序列：

军长陈子干，副军长黄焕云，参谋长萧壁光

第24师，师长张汝弼（该师1949年1月拨隶第27军）

第53师，师长袁致中/张汝弼

第61师，师长杨荫寰/陈华

1949年12月周士瀛接任军长时序列：

军长周士瀛，副军长陈华（起义），参谋长萧碧光（起义）/王日浩（被俘）

第53师，师长张汝弼/樊玉书

第61师，师长陈华（兼）